Villarrica fue fundada por Gerónimo de Alderete quien, bajo las órdenes del gobernador Pedro de Valdivia, estableció la ciudad en el mes de abril del año 1552. En la ocasión se instalaron 50 personas. Pareciera ser que su nombre original fue simplemente Villarrica, debido a la creencia de que existían abundantes yacimientos de oro y plata y no el de Santa María Magdalena de Villarrica como se señala tradicionalmente. Esta alteración se debió a la existencia de la Iglesia Parroquial de la ciudad que estaba bajo la advocación de dicha Santa.

Villarrica fue abandonada en 1554, después de la derrota española de Tucapel, que costara la vida a Pedro de Valdivia. Se repobló cinco años después (1559) por orden de García Hurtado de Mendoza luego de la derrota de la sublevación general mapuche de dicho año.

En el año 1602 fue destruida completamente por los mapuches quienes mantuvieron dominio sobre la zona hasta el 1 de enero de 1883, fecha en que, mediante un acuerdo entre el cacique Epulef y el Coronel Gregorio Urrutia, el gobierno tomó posesión pacífica del área en forma definitiva. Fue reconstruida y transformada en ciudad el 2 de enero de 1897. En junio de 1916 se creó la comuna de Villarrica. Actualmente posee una población aproximada de 36.000 habitantes y es el centro administrativo y receptor del flujo turístico que llega a la zona.

La presencia del volcán fue siempre un atractivo que fue convocando al turismo, el cual en sus primeros tiempos debía trasladarse en tren hasta Freire y luego a caballo hasta Villarrica. Recién en 1924 se contó con un vehículo a motor que conectaba ambas ciudades.

La inauguración de los primeros hoteles data de 1923, y el ramal ferroviario llega recién en 1933 al muelle del lago.