Fue fundada oficialmente en el año 1946, el primer poblador fue Guillermo Angermaier llegado en 1885, para ubicarse en 1903 la Misión Capuchina que hoy nos muestra su espléndida Iglesia construida por el Padre Bernabé de Lucerna en 1947.

El camino que bordea el Lago Panguipulli se terminó en el año 1983, el que tuvo bastantes inconvenientes en invierno. En 1935 llega el camino enripiado y recién, en 1954, su ramal de ferrocarril.

Panguipulli se le llama al territorio en contacto con el lago cuyo nombre de origen mapuche significa ‘tierra de leones’. Destaca por su belleza paisajística la cual se ve reflejada en las localidades de Liquiñe, Neltume, Choshuenco, Puerto Fuy, Coñaripe, entre otras.

Su historia se caracteriza por los símbolos del lugar, los cuales la hacen ser recordada por su belleza y tradición. Uno de ellos es la Parroquia de San Sebastián, la cual fue escenario de encuentros y conflictos entre misioneros, mapuches y chilenos en la época en que era un pequeño caserío, que luego se fue desarrollando con el trabajo y esfuerzo de su gente.

El muelle simboliza la llamada ‘Epoca de Oro’ de los grandes fundos madereros, que ocupaban el lago transportando su madera y pasajeros. En aquella época muchos chilenos eligieron esta zona para vivir, trabajar y progresar.

Otro de sus símbolos son las rosas que representan al Panguipulli moderno que lucha por mejorar la educación, reactivar la actividad agrícola y forestal, que se proyecta al turismo y que sueña con mostrarse a Chile y al mundo.