Fue fundada el 9 de febrero de 1552 por Pedro de Valdivia, en el lugar que se ubica actualmente, el cual fue seleccionado por razones estratégicas: estaba cerca del puerto costero, domina los valles del río Calle Calle y cruces, tiene buen acceso a los llanos donde ese ubican La Unión y Río Bueno.

Fue la segunda ciudad más importante de las fundadas por los españoles, evacuada y destruida durante la sublevación mapuche en 1599, el corsario inglés Sebastián de CORDES la ocupó en el 1600. En 1643 lo hizo Elías Erckmans, quien intentó enclavar un sitio holandés en el Pacífico.

En 1645, bajo a orden del Virrey del Perú, se fundó nuevamente Valdivia como plaza fuerte, fortificada en un recinto amurallado.
Hacia 1770, por el peligro de guerra con Inglaterra, se reconstruyó el sistema defensivo que había sido disminuido por intenciones de expansión hacia los sectores centrales.

Entre 1850 y 1875 Valdivia recibió un importante número de inmigrantes alemanes, que se establecieron en las ciudades del sur. Aquí permanecieron en su mayoría profesionales, industriales y artesanos que contribuyeron al desarrollo de la ciudad.

En 1954 se inauguró en Valdivia la Universidad del Sur de Chile y, en 1960, fue asolada por un terremoto y maremoto, del cual la ciudad renació y orientó su actividad hacia el turismo, la vida universitaria y la industria.