Esta ciudad fue poblada por alemanes, quienes contribuyeron en gran medida al desarrollo de esta zona. Bernardo Phillipi fue quien impulsó su poblamiento con el descubrimiento del lago. Más tarde, Vicente Pérez Rosales introdujo nuevos contingentes de colonos alemanes en este hermoso lugar.

En 1854 es fundada y fue declarada Villa en octubre de 1897, ya que había alcanzado desarrollo durante el tiempo que los colonos llevaban allí. Fue este el puerto de salida para del comercio del Lago Llanquihue hacia Puerto Montt.

El 30 de diciembre de 1927 el gobierno creó la comuna de Puerto Varas. Se le conoce como Ciudad de las Rosas.