Fue fundada en 1579 por Martín Ruiz de Gamboa, capitán general y gobernador de Chile en esa época, quien le dio el nombre de San Bartolomé de Chillán. Esta fue atacada, abandonada y reconstruida en varias oportunidades.

En 1751 la ciudad fue trasladada al lugar en que se encuentra actualmente Chillán Viejo, por orden de Ortiz de Rozas y en 1835, tras un terremoto que asoló el lugar, se fundó la actual Chillán y se dispuso el traslado de la ciudad antigua.

En 1939, un violento sismo nocturno asoló el sur: perecieron 15.000 personas y se destruyó el 90% de la ciudad.

Hoy predominan las construcciones asísmicas y modernas, con muy pocas de más de 50 años.