Forma parte del Parque Nacional Laguna San Rafael, que comprende una extensión de 1.742.000 hectáreas. La Laguna San Rafael fue declarada Reserva de la Biósfera en 1979 por la Unesco.

La laguna está ubicada en el extremo sur del canal Moraleda, a los pies del Campo de Hielo Norte y corresponde a una pequeña entrada del Océano Pacífico de 15 por 10 km. aproximadamente. En esta laguna desemboca el gigantesco y famoso Glaciar San Rafael que, con sus más de 3.000 años, es sin duda, la principal atracción turística de la zona.

En la laguna se destacan los enormes témpanos flotantes, el glaciar San Valentín, y la usual caída de hielos, que pueden ser vistas desde los barcos que llegan hasta la laguna. Ellos permanecen aquí alrededor de 6 horas y utilizan botes para recorrerla. Para acceder a la Laguna San Rafael existen variadas alternativas en costo y tiempo. Algunas embarcaciones realizan el trayecto en el día y otras demoran hasta 5 días.

Actualmente, ha sido habilitado un embarcadero para naves menores para llegar a un sendero que conduce hasta la base del ventisquero San Rafael. Hay también una serie de miradores intermedios.

Se accede desde Puerto Chacabuco, se navega hacia el sur para ingresar al Fiordo Aisén, se continúa por el Canal Costa para internarse por el Estuario Elefantes que lo llevará hasta la Laguna San Rafael tras un hermoso viaje.