Nació el 4 de abril de 1848, hijo de don Agustín Prat Barril y doña María del Rosario de Chacón Barrios. Desde pequeño demostró su capacidad para los estudios y sentido de la responsabilidad, registrados en documentos de la época, al igual que su marcada disciplina y lealtad a toda prueba, en conjunto con su arraigado sentido del deber con su patria.

Desde que comenzó sus estudios en la Escuela Superior de Instrucción Primaria de Santiago a los ocho años conoció a sus amigos: Carlos Condell y Luis Uribe, con los cuales estudió en la Escuela Naval de Valparaíso. Todos egresaron con el grado de oficial de marina a fines de 1864, y en noviembre de 1865 capturó la Covadonga, en el combate naval de Papudo durante la guerra con España, esto le otorgó el grado de teniente segundo de la Marina.

En 1871 se recibió con el título de bachiller del Instituto Nacional distinguido en filosofía y literatura.

Estudió Leyes en la Universidad de Chile, en este tiempo fue cuando se casó con doña Carmela Carvajal Briones, finalmente se recibió de Bachiller en 1875 y un año después obtuvo el titulo de abogado gracias a su trabajo de investigación que lleva por nombre “Observaciones a la lei electoral vijente” (nótese que está con la ortografía de la época).

Se destacó, mientras estuvo en la Escuela Naval, como oficial y profesor de cátedra de Ordenanza Naval, Cosmografía y Construcción Naval, además de brindar labores gratuitas en la escuela nocturna “Benjamin Franklin de Valparaíso”.

En 1879, luego de comenzar la Guerra del Pacífico, tomó el mando de la corbeta Esmeralda con las órdenes de atacar el puerto peruano de Callao. Finalmente, el 21 de mayo de 1879 enfrentaron las fuerzas chilenas y peruanas en el Combate Naval de Iquique. La ventaja de la escuadra peruana era evidente desde el inicio de la batalla pero Prat sabía que no debía rendirse y alentó a sus hombres gritando ¡Viva Chile! Y saltó al barco enemigo encontrándose con la muerte.

Minutos antes de saltar al Huáscar, proclamó, desde la corbeta Esmeralda, las palabras que lo situaron en un lugar especial dentro de la historia de Chile, aquella tarde del 21 de mayo de 1879, cuando comenzaba la Guerra del Pacífico:
Muchachos: La contienda es desigual, pero ánimo y valor. Nunca se ha arriado nuestra bandera ante el enemigo y espero que no sea ésta la ocasión de hacerlo.