Antaño fue uno de los más importantes centros de la cultura atacameña. Las tierras fértiles que la rodean estaban repartidas en sectores y eran trabajadas por las mismas familias.

En 1450 fue conquistado por los Incas. Luego, en 1536, se integraría a la historia hispana con el paso de Diego de Almagro por el pueblo.

Los recursos mineros también favorecieron económicamente a San Pedro de Atacama, ya que este contribuía en la comercialización del mineral. En 1870, el centro administrativo que aquí se había formado fue trasladado a Calama.

Actualmente se ha reducido su población, la que subsiste gracias al cultivo de hortalizas y al turismo.