Desde que fue descubierta por los indígenas moluches, que se distribuyeron por un territorio que se extiende desde Copiapó a Chiloé; fue ocupada como caleta, ya que sus aguas son de mucha quietud. De ahí su nombre, 'coquimbo', que en lengua indígena significa 'lugar de aguas tranquilas'. Muchos de los grandes colonizadores, como Pedro de Valdivia y Juan Bohón (fundador de La Serena), habían observado este lugar como ideal para la construcción de un puerto.

A comienzos del siglo XIX, Coquimbo era sólo un rancherío de pescadores. A partir del establecimiento de fundiciones de cobre y de la llegada del ferrocarril, que puso en contacto las minas con el mar, la ciudad comenzó a tener un mayor auge, manifestado en el aumento de su población, hasta que en 1850, durante el gobierno de Manuel Bulnes, se aprobaron definitivamente sus planos y, por ley de 28 de septiembre de 1864, bajo la administración de José Joaquín Pérez, fue creado el departamento de Coquimbo, cuyo primer gobernador fue Francisco Antonio Varela. Durante el gobierno de Aníbal Pinto se le otorgó la categoría de ciudad.