Abarca 59.082 hectáreas y se ubica en la precordillera de Copiapó. Se formó con el propósito de conservar la avifauna que habita en los diversos sectores que la componen. Cabe destacar el Salar de Maricunga, la Laguna Santa Rosa y del Negro Francisco.

Se presentan condiciones perfectas para la sobrevivencia de las especies, por lo que se calculan 47 tipos de aves altiplánicas que habitan el sector resguardado. En términos generales, la Reserva Nacional Nevado Tres Cruces se encuentra dividida en dos sectores:

* Laguna Santa Rosa y Salar de Maricunga que comprenden un área total de 46.944 hectáreas.
* Laguna del Negro Francisco con un total de 12.137 hectáreas.

En el año 1996, las lagunas Santa Rosa y del Negro Francisco fueron catalogadas como "sitios ramsar", lo que quiere decir que comprenden humedales de importancia internacional para la conservación de aves acuáticas.

La flora que habita el lugar es la vegetación de vegas y bofedales típicos de las zonas de mayor altitud. Al contrario, la fauna es muy variada en los alrededores de lagunas y salares, destacando tres especies de flamencos, pato juarjual, piuquenes, pollitos de mar y taguas entre la avifauna, vicuñas, guanacos y culpeos entre los mamíferos.