Fue creado en 1967 para proteger un extenso, deshabitado y casi inaccesible territorio de 1.742.000 ha, destinado a la protección de la vida silvestre. Aun cuando es el parque más extenso de la región, más de 400.000 ha corresponden a hielos milenarios concentrados en la zona denominada Campo de Hielo Norte.

El clima es húmedo, con una temperatura anual de 8 ºC de promedio y precipitaciones que alcanzan, en las zonas de mayor altura, los 5.000 mm anuales.

En los suelos aptos, la vegetación presenta una densa cobertera de árboles, arbustos y hierbas, destacando el ciprés, lenga, siempreverde, coigüe de Magallanes, coigüe de Chiloé, tepa, tineo, canelo, mañío macho y ciruelillo. La fauna avícola es abundante y variada, tanto las marítimas como las terrestres: patos, cormoranes, cisnes de cuello negro y caiquén. No ocurre lo mismo con los peces, limitado su desarrollo por las bajas temperaturas de las aguas.

Los rigores del clima también afectan a los mamíferos, que son poco abundantes, entre los que cabe destacar zorros, pudúes, coipos o coipúes y lobos de mar. Los elementos singulares del parque son la laguna San Rafael -casi una ensenada cerrada al mar y donde se practica la pesca- y el ventisquero del mismo nombre, que desciende hasta el lago.

El desprendimiento de las masas de hielo del glaciar en determinadas épocas del año constituye uno de los espectáculos más interesantes de la naturaleza. A diferencia de los restantes glaciares, el ventisquero San Rafael está en retroceso, debido a la influencia del clima oceánico relativamente templado en la zona.