Se sabe que los primeros habitantes de esta zona pertenecieron a la cultura de los Chinchorros, de la cual se destaca su proceso de momificación, ejemplares que se conservan en el Arqueológico Museo San Miguel de Azapa.

Arica hispana (Villa San Marcos de Arica) fue fundada en 1541 y justamente en el día onomástico de su patrono el evangelista San Marcos. De ello hay constancia en un documento, que parece ser el segundo en antigüedad después de la cédula de otorgamiento de la encomienda de este territorio, precisamente, al fundador de la villa: Lucas Martínez Vegaso.

En un principio, su importancia radicó en cumplir las funciones de puerto embarque del mineral extraído de la mina y abastecimiento para los pobladores de ésta. El tránsito entre ambas se realizaba a través de enormes caravanas de mulas que transportaban tanto la plata como todo tipo de productos para la provisión de enseres.

Al crearse el Virreinato de la Plata, unos 200 años después, Arica perdió su prominencia, ya que este comprendía el territorio en que se ubicaba la mina, por lo tanto, todo el tráfico y transporte se desvió a la ciudad de Buenos Aires, en Argentina.

Con el establecimiento de la República del Perú en esta zona, a mediados del siglo XIX, la ciudad recuperó algo de su magnificencia perdida tantos años antes, vestigios que presenciamos en las importantes obras arquitectónicas que se levantaron en el poblado. El poderío peruano duró hasta los comienzos de la década de 1880, época en la cual el ejército chileno se tomó la ciudad como parte de su campaña militar de la Guerra del Pacífico. Luego, el Tratado de 1929 entre Chile y Perú, la convertiría legalmente en chilena.

Desde 1953 Arica tuvo el carácter de puerto libre, lo que contribuyó a su desarrollo económico como plaza comercial, puerto y centro pesquero.